微生物在农业上的作用已逐渐被人们所认识。现国际上已有70多个国家生产、应用和推广微生物肥料，我国也有250家企业年产约数十万吨微生物肥料应用于生产。这虽与同期化肥产量和用量不能相比，但确已开始在农业生产中发挥作用，取得了一定的经济效益和社会效应，已初步形成正规工业化生产阶段。随着研究的深入和应用的需要不断扩大新品种的开发，微生物肥料现已形成(1)由豆科作物接种剂向非豆科作物肥料转化；(2)由单一接种剂向复合生物肥转化；(3)由单一菌种向复合菌种转化；(4)由单一功能向多功能转化；(5)由用无芽胞菌种生产向用有芽胞菌种生产转化等趋势。不仅如此，近20年来，许多国家更认识到微生物肥料作为活的微生物制剂，其有益微生物的数量和生命活动旺盛与否是质量的关键，是应用效果好坏的关键之一。为此，现已有许多国家建立了行业或国家标准及相应机构以检查产品质量。我国也制定了农业部标准和成立微生物质量检测中心，并已于1996年正式对微生物肥料制品进行产品登记、检测及发放生产许可证等工作。
1997年，在意大利洛克菲勒基金会中心召开的生物固氮:全球挑战与未来需求国际讨论会上，各国著名科学家制定了一个到21世纪生物固氮增加需求的行动计划，其中就包括发展微生物肥料以增加豆科和非豆科产量，我国也在微生物肥料发展形势下加大了研究力度。相信随着科学的进步，研究和生产发展的需要及监督制度的完善，微生物肥料一定能健康有序地发展，为农业增收发挥其应有的作用，前景将是非常广阔的。
发展应用编辑
目前国内微生物菌剂发展迅速，比如JT菌种，JT微生物菌种是西安中晟化工中国大陆地区独家推广应用的，由日本硅酸盐菌与台湾诺卡氏放线菌结合的新型复合菌种；（其中包含:1、放线菌；2、固氮菌；3、硅酸盐菌；4、枯草芽孢杆菌；5、多粘类芽孢杆菌； 6、木霉菌；7、酵母菌；8、光合菌）活菌避光独立包装，纯度高、密度大、活性强，有效活菌百亿每克。